Приграничное положение Брянской области определило одну из ключевых ролей Брянской таможни в развитии таможенного дела в России. Становление и развитие таможенного дела на территории Брянской области неразрывно связано с историей страны, многие поворотные события истории отразились и оказали непосредственное влияние на него. Таможенное дело на территории современной Брянской области имеет долгую историю, первое документальное упоминание о деятельности таможенной службы относится к 1136 году. Последний документ о Брянских таможнях был издан в 1758 году. А в 1991 году, после 250-летнего перерыва, таможня на Брянщине вновь возродилась.
28 декабря 1991 года Брянский таможенный пост Приокской региональной таможни, состоявший из 9 человек, приказом Таможенного комитета СССР от
28 декабря 1991 года № 276 преобразован в Брянскую таможню со штатной численностью 20 единиц. За более чем 25-летнюю историю Брянская таможня прошла путь становления от таможни со штатной численностью 20 единиц до одной из крупнейших в Российской Федерации с численностью свыше 1400 единиц.
В современную структуру таможни входят 9 таможенных постов, 4 из них – пограничные (МАПП Новые Юрковичи, МАПП Погар, МАПП Троебортное, Володарский), 5 – внутренние (Александровский, Брянский, Погарский, Новозыбковский, Фокинский).
В регионе деятельности таможни расположены 4 автомобильных пункта пропуска через государственную границу Российской Федерации, 3 из них обустроены по постоянной схеме (МАПП Троебортное, МАПП Погар, МАПП Новые Юрковичи), 1 – по временной (ДАПП Ломаковка); 3 железнодорожных, обустроены по временной схеме (ЖДПП Суземка, ЖДПП Брянск-Льговский, ЖДПП Брянск-Орловский), 1 воздушный, обустроен по постоянной схеме (ВПП Брянск).
Также в регионе деятельности таможни находится международный аэропорт «Брянск» (Фокинский таможенный пост). В настоящее время периодически осуществляется таможенный контроль воздушных судов.
Таможенный контроль на железнодорожном транспорте осуществляется 2-мя таможенными постами:
Фокинский таможенный пост осуществляет контроль товарных поездов международного сообщения на ЖДПП Брянск-Льговский;
Володарский таможенный пост осуществляет контроль пассажирских поездов международного сообщения на ЖДПП Суземка и ЖДПП Брянск-Орловский.
Володарский таможенный пост обладает правомочиями на совершение таможенных операций в отношении товаров, пересылаемых через таможенную границу Евразийского экономического союза в международных почтовых отправлениях.
Местонахождение и регионы деятельности Брянской таможни установлены приказом ФТС России от 26 июля 2016 года № 1464 «О местонахождении и регионах деятельности таможенных органов Центрального таможенного управления».