Развитие таможенного дела на территории приграничной Курской области тесно связано со становлением и развитием Российского государства. Об этом свидетельствуют сохранившиеся исторические источники.
Найденные в ходе археологических раскопок на территории Курской крепости в 2016 году исторические артефакты - около 50 таможенных пломб различных князей династии Рюриковичей, говорят об оживленной торговле в регионе в IX- начале XIII веков.
О важной роли Курска в качестве транзитного пункта в торговле с Малороссией в XVI - XVII веках свидетельствуют находящиеся в Государственном архиве древних актов несколько десятков таможенных книг Курской, Рыльской, Обоянской и Судженской таможен, существовавших в то время на территории области.
Сохранились и более поздние документы Канцелярии директора Курской пограничной таможни: книги записных и явленных товаров по Курску за 1720-1726 годы, дела и документы за 1727-1758 годы – о сборе таможенных пошлин, конфискации неявленных (говоря современным языком– непродекларированных) товаров, переписка с подчиненными заставами и др. Последние упоминания о Курской таможне той эпохи относятся к 1758 году, а затем более чем на два столетия таможня на курской земле упраздняется.
Современная история Курской таможни ведет свой отсчет с четвертого сентября 1989 года, когда приказом Московской Центральной таможни была введена должность таможенного уполномоченного по Курской области. А 14 февраля 1992 года приказом № 45 Государственного таможенного комитета Российской Федерации Курский таможенный пост Воронежской таможни был преобразован в Курскую таможню. Возглавил таможню Анатолий Васильевич Погожев. В момент своего образования таможня насчитывала всего лишь пять сотрудников и имела материально-техническую базу, состоявшую из механической пишущей машинки, двух шкафов, да старенького автомобиля.
Несмотря на малочисленность личного состава, практически полное отсутствие материальной базы, Анатолию Васильевичу удалось четко наладить работу единомышленников, за очень короткий срок довести штат таможни до 50 сотрудников, обучить вновь принятый личный состав и взять под таможенный контроль почти 300 - километровый курский участок государственной границы с Украиной.
Была организована круглосуточная служба на пограничных Глушковском, Хомутовском (впоследствии ликвидированном), Суджанском, Рыльском таможенных постах и таможенное оформление на Железногорском внутреннем таможенном посту.
Основная нагрузка легла на плечи заместителей начальника таможни Алексея Бойко, Леонида Демехова, Владимира Гусева, Светланы Тутовой, а так же на исполнявших обязанности начальников таможенных постов Валерия Гаврилко, Василия Еременко, Сергея Иванникова, Геннадия Богатырева, Олега Дорошенко, Николая Васькова.
Их заботами были проведены основные мероприятия по закрытию границы и налаживанию работы вновь принятых на службу таможенников.
В 1992 году был осуществлен таможенный контроль за передвижением более 14 тысяч железнодорожных вагонов, 25 тысяч транспортных средств и 1,5 тысяч грузовых машин, было обработано свыше 4,5 тысяч грузовых таможенных деклараций.
1993 год стал для Курской таможни важным этапом в процессе становления ее деятельности. Были образованы новые структурные подразделения: отделы технических средств таможенного контроля и связи, оперативный, статистики, капитального строительства и таможенной охраны. За год штат таможни возрос с 50 до 330 человек.
В 1995 году по временной схеме были построены автомобильные пункты пропуска: Суджа – Юнаково, Теткино – Белополье, Крупец – Глухов.
С 2011 года пункты пропуска МАПП «Суджа» и МАПП «Крупец» функционируют по постоянной схеме. Они оснащены самой современной техникой и оборудованием.
В 2012 году в ходе реорганизации Орловской и Курской таможен, Орловская таможня была присоединена к Курской.
Регион деятельности Курской таможни охватывает территорию Курской и Орловской областей.
В настоящее время в непосредственном подчинении Курской таможни находится 9 таможенных постов: 6 внутренних (Железногорский, Курский, Крупецкий, Мирный, Орловский, Курский т/п (ЦЭД)) и 3 пограничных (Глушковский, МАПП Суджа и МАПП Крупец).
В регионе деятельности таможни функционируют 5 пунктов пропуска: 3 автомобильных – МАПП «Крупец», МАПП «Суджа» и ДАПП «Тёткино»; железнодорожный пункт пропуска «Глушково» и воздушный пункт пропуска «Аэропорт Курск».
В рамках реализации Концепции таможенного оформления и таможенного контроля товаров, в местах приближенных к государственной границе Российской Федерации, создано два таможенно-логистических терминала: «Суджанский» и «Крупецкий».
За прошедшие годы Курская таможня превратилась в хорошо технически оснащенную и эффективно работающую структуру, способную решить самые сложные задачи обеспечения экономической безопасности юго-западных рубежей России.